Oberstes Gremium der EDK-Ost ist die Plenarkonferenz der Bildungs-/Erziehungsdirektorinnen und der Erziehungsdirektoren der Ostschweizer Kantone und des Fürstentums Liechtenstein (EDK-Ost).
Zentrales Koordinationsorgan im operativen Bereich ist die Konferenz der Departementssekretäre der EDK-Ost (DSK-Ost). Sie bereitet die Entscheidungen der Plenarkonferenz vor und sorgt für deren Vollzug. Sie wird vom Regionalsekretär Moritz Gut geleitet.
Die stufenbezogenen Bereichskonferenzen (Volksschule, Mittelschulen, Berufsbildung) dienen dem Erfahrungsaustausch zwischen den Kantonen. Die Konferenzen organisieren sich selbständig im Milizsystem. Bei Bedarf werden - den Berichskonferenzen nachgeordnet - bereichsbezogene Arbeitsgruppen eingesetzt, welchen ebenfalls Vertreterinnen und Vertreter der Kantone und des Fürstentums Liechtenstein angehören.
Für den Vollzug der Vereinbarung über die Leistung von Schulbeiträgen für Auszubildende an Schulen der Sekundarstufe II (Regionales Schulabkommen) vom 1. März 2001 ist der Geschäftsstelle eine Konferenz Koordinationsstellenleiter Schulabkommen angegliedert. Diese wird von einem Mitglied der DSK-Ost präsidiert.
Die EDK-Ost Geschäftsstelle ist seit dem 1. Januar 2019 der BKZ Geschäftsstelle in Luzern angegliedert.
